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另外，还用于多肽人工合成中氨酸的缩合。如Fmoc-固相合成中，氨酸的羧与另一个氨酸的氨形成酰胺键。为使羧更易接受亲核试剂进攻，带负电荷的氧原子需先被活化成一个较好的离去团，二环己碳二发挥此作用。氨酸上羧的氧原子作为亲核试剂进攻二环己碳二分子中间的碳原子使二环己碳二与羧结合形成酯结构，使得氨的亲核进攻容易进行。

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【二环己碳二的使用】

二环己碳二的副产品二环己脲不溶于水，一般是用过滤撤除的，但是仍然会有少许残留在溶液中，难以清除干净。DCC不比其他固相接肽试剂那样便利，其副产品二环己脲是难以从多肽树脂上星散出来的。

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